Un super computer per sconfiggere il Coronavirus, nella battaglia c’è anche l’Umbria

Uno spin-off delle Università di Perugia e Trento e dell’Istituto nazionale di fisica nucleare sta lavorando ad una terapia anti-Covid19. Ecco come sta andando lo studio e la tecnologia necessaria per battere il virus

Il “veleno” si chiama Spike ed è la proteina virale presente sulla superficie di Covid19 che si lega ad un’altra proteina, Ace2. Una unione che consente al virus di penetrare nelle cellule e di riprodursi. Creando i disastri che da settimane ormai sono sotto gli occhi di tutti.

Bloccare il virus prima che riesca a penetrare nelle cellule neutralizzando il suo cavallo di Troia è la sfida lanciata al Coronaviru da Sibylla Biotech, spin-off dell’Istituto nazionale di fisica nucleare (Infn) e delle Università di Trento e Perugia, che sta lavorando all’identificazione di una terapia anti Covid19 con una tecnologia unica, che studia il comportamento delle proteine in un modo completamente nuovo e in tempi rapidi.

Una sfida imponente per la quale era però necessario un super computer così da poter effettuare milioni di calcoli e sperimentazioni nel minor tempo possibile. L’Infn ha deciso di dedicare una quota significativa delle sue risorse di calcolo per aiutare Sibylla Biotech, coinvolgendo i data center dedicati solitamente all’analisi dei dati degli esperimenti di Lhc (sezioni di Pisa, Roma, Napoli, Milano, Bari e laboratori di Frascati e Legnaro) e il proprio centro di calcolo nazionale, il Cnaf di Bologna, che da solo conta oltre la metà della potenza computazionale a disposizione di Infn.

L’obiettivo è dunque identificare molecole che possano interferire con il processo di replicazione del virus Sars-Cov2, per rallentare la sua diffusione in attesa della produzione di un vaccino. In particolare, Sibylla Biotech si sta concentrando sulla proteina Ace2, il recettore cellulare che si trova soprattutto nelle cellule umane dell’endotelio polmonare e in altri tessuti come nel cuore e nell’intestino, al quale si lega la proteina virale Spike presente sulla superficie del virus. Ace2 si comporta quindi da cavallo di Troia, permettendo al virus di penetrare nella cellula e iniziare il suo processo di replicazione.

La tecnologia è stata inventata dai soci fondatori di Sibylla Biotech nell’ambito di una ricerca accademica sulla replicazione dei prioni e l’individuazione di strategie farmacologiche contro questi agenti infettivi supportata da Infn, Fondazione Telethon, Università di Trento e Università di Perugia.

 “Appena ci è stato chiaro l’inizio dell’emergenza sanitaria e i meccanismi legati alla replicazione del virus, ovvero a fine febbraio, abbiamo subito deciso di rivolgere i nostri sforzi allo studio del percorso di ripiegamento di Ace2, dedicando allo scopo la totalità delle risorse umane e computazionali del team di ricerca”, commenta Lidia Pieri, amministratore delegato di Sibylla Biotech.

“Abbiamo collezionato risultati preliminari che indicavano la presenza di un intermedio di folding. Per le caratteristiche della proteina Ace2 avremmo però impiegato alcuni mesi per completare la simulazione con le nostre sole risorse computazionali. Con le risorse messe prontamente a disposizione dall’Infn è invece possibile ipotizzare di ottenere gli stessi risultati in poche settimane, rispondendo in maniera efficace all’emergenza”, prosegue Pieri. “Questi risultati saranno resi noti alla comunità scientifica internazionale affinché possano essere utilizzati subito da chiunque abbia i mezzi per farlo, sia in ambito accademico che industriale”.

“Abbiamo messo a disposizione di Sibylla Biotech tutta la nostra esperienza nel gestire grandi potenze di calcolo e complessi codici numerici sia di simulazione sia di analisi dati, quella, per intenderci, che ci ha permesso di scoprire nel 2012 il Bosone di Higgs”, commenta Gaetano Maron, direttore del Cnaf. “Con grande rapidità abbiamo “distratto” circa 30.000 unità di calcolo dall’analisi dati degli esperimenti di Lhc riorientandole verso le simulazioni della proteina Ace2.

Devi disattivare ad-block per riprodurre il video.
Play
Replay
Play Replay Pausa
Disattiva audio Disattiva audio Disattiva audio Attiva audio
Indietro di 10 secondi
Avanti di 10 secondi
Spot
Attiva schermo intero Disattiva schermo intero
Skip
Il video non può essere riprodotto: riprova più tardi.
Attendi solo un istante...
Forse potrebbe interessarti...

È un esempio di quello che oggi è chiamato “Urgent Computing”, la possibilità di orientare in brevissimo tempo la potenza di calcolo di un sistema a un singolo scopo, applicato qui d un caso reale di emergenza planetaria” chiude Maron.

In Evidenza

Potrebbe interessarti

I più letti della settimana

  • Coronavirus: “Siamo a Terni e non in qualche paese lontano da noi”. La foto scattata all’ospedale fa il giro del web

  • Coronavirus, sospese le lezioni per un’altra scuola di Terni tranne per una classe: “Una mattinata particolare”

  • Nuova ordinanza restrittiva: “Chiusura domenicale dei centri commerciali e attività di vendita. Limitazioni per cerimonie e stop allo sport”

  • Risse per le strade di Terni e assembramenti in centro. Con il dpcm non cambia la musica

  • "Indossate la mascherina str..zi”: delirio e risate a Radio Deejay. Lo spot in ternano di Francesco Lancia in soccorso del Governo

  • Arriva il dpcm di Conte, ma è scontro con le regioni. La Tesei pensa a un'ordinanza restrittiva

Torna su
Devi disattivare ad-block per riprodurre il video.
Play
Replay
Play Replay Pausa
Disattiva audio Disattiva audio Disattiva audio Attiva audio
Indietro di 10 secondi
Avanti di 10 secondi
Spot
Attiva schermo intero Disattiva schermo intero
Skip
Il video non può essere riprodotto: riprova più tardi.
Attendi solo un istante...
Forse potrebbe interessarti...
TerniToday è in caricamento